m6A(N6-methyladenosine,6-甲基腺嘌呤)是真核生物mRNA內(nèi)部序列中最常見的一種甲基化修飾,同時(shí)可以功能性的調(diào)節(jié)真核生物的轉(zhuǎn)錄組從而影響mRNA的剪接、出核、定位、翻譯和穩(wěn)定。m6A RNA出現(xiàn)在多種重要的細(xì)胞生命過程中,意味著mRNA甲基化參與了多種生物學(xué)過程,如干細(xì)胞分化、生物節(jié)律等,同時(shí)也參與了多種疾病的發(fā)生,包括腫瘤、肥胖和不育等。

圖1:m6A甲基化和去甲基化示意圖
目前對(duì)m6A的轉(zhuǎn)錄組研究方法為MeRIP-seq(mRNA甲基化測(cè)序)的方法,其原理是通過m6A特異性抗體對(duì)細(xì)胞內(nèi)具有m6A修飾的RNA片段進(jìn)行免疫共沉淀,將富集下來的RNA片段進(jìn)行高通量測(cè)序。結(jié)合生物信息學(xué)分析,即可在轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)對(duì)m6A修飾進(jìn)行系統(tǒng)研究。
服務(wù)特點(diǎn)
●靈活度高:能夠直接對(duì)任意物種的轉(zhuǎn)錄組高甲基化片段進(jìn)行測(cè)序,無需已知的基因組序列信息。
●檢測(cè)范圍廣:覆蓋整個(gè)轉(zhuǎn)錄組范圍的甲基化區(qū)域。
●精確度高:能夠在實(shí)際結(jié)合位點(diǎn)100-200個(gè)堿基范圍內(nèi)精確定位。
●數(shù)字化信號(hào):直接對(duì)甲基化片段進(jìn)行定量和測(cè)序,不存在傳統(tǒng)芯片雜交的熒光模擬信號(hào)帶來的交叉反應(yīng)和背景噪音問題。
實(shí)驗(yàn)流程

圖2:MeRIP-seq實(shí)驗(yàn)流程圖
結(jié)果展示
1.m6A甲基化峰分析
表1:m6A甲基化譜數(shù)據(jù)列表
2.m6A甲基化峰注釋
利用最新的RefSeq數(shù)據(jù)庫,每個(gè)峰通過與其最鄰近基因位置關(guān)系對(duì)甲基化峰進(jìn)行注釋,分成:外顯子峰,內(nèi)含子峰,非翻譯區(qū)峰,基因間m6A峰。

圖3:m6A甲基化峰分布圖。
3. m6A甲基化峰的可視化
m6A甲基化測(cè)序結(jié)果中的wig文件能夠上傳到基因組瀏覽器中,以便進(jìn)行m6A信號(hào)區(qū)域的可視化。

圖4:可視化分析
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【表觀基因組學(xué)】 DNA甲基化芯片、DNA羥甲基化芯片、染色質(zhì)免疫共沉淀芯片、DNA甲基化測(cè)序、DNA羥甲基化測(cè)序、染色質(zhì)免疫共沉淀測(cè)序、MeDIP-PCR、hMeDIP-PCR、ChIP-PCR等
【轉(zhuǎn)錄組學(xué)】LncRNA芯片、LncPath™芯片、環(huán)狀RNA芯片、T-UCR芯片、microRNA芯片、piRNA芯片、全基因組表達(dá)譜芯片、RNA測(cè)序、RNA m6A甲基化測(cè)序、small RNAs測(cè)序系列(microRNA測(cè)序、tRF&tiRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、piRNA測(cè)序等)、LC-MS tRNA修飾檢測(cè)、 nrStar™ ncRNA PCR芯片(tRF&tiRNA,tRNA,snoRNA,F(xiàn)unctional LncRNA)、miRStar™癌癥特異性microRNA PCR芯片、NuRNATM mRNA PCR芯片、功能分類PCR芯片、LncRNA實(shí)時(shí)定量PCR、環(huán)狀RNA實(shí)時(shí)定量PCR、tRF&tiRNA實(shí)時(shí)定量PCR、microRNA實(shí)時(shí)定量PCR、mRNA實(shí)時(shí)定量PCR
【蛋白組學(xué)平臺(tái)】TMT標(biāo)記定量蛋白組學(xué)服務(wù)、Lable-free定量蛋白組學(xué)服務(wù)、磷酸化修飾蛋白組學(xué)服務(wù)、泛素化修飾蛋白組學(xué)服務(wù)、N-糖基化修飾蛋白組學(xué)服務(wù)、乙;揎椀鞍捉M學(xué)服務(wù)、蛋白-蛋白相互作用組學(xué)
【代謝組學(xué)】靶向代謝組學(xué)、非靶向代謝組學(xué)
【外泌體組學(xué)】外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)、外泌體蛋白質(zhì)組學(xué)、外泌體代謝組學(xué)
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