ACT數(shù)據(jù)庫(kù)的細(xì)胞注釋和細(xì)胞marker下載功能詳解

ACT（Annotation of Cell Types）數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)專為單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)“細(xì)胞類型注釋”環(huán)節(jié)設(shè)計(jì)的在線一站式工具，由哈爾濱醫(yī)科大學(xué)肖云課題組建立。該課題組手工整理了約 7000 篇文獻(xiàn)中的 26000 多個(gè)細(xì)胞marker，構(gòu)建出層次化的標(biāo)記圖譜。結(jié)合自開發(fā)的WISE（加權(quán)整合基因集富集）算法，將經(jīng)典marker的普遍性與特定細(xì)胞類型的有序差異表達(dá)基因整合到該圖譜中，完成細(xì)胞注釋工作。

圖1 ACT數(shù)據(jù)庫(kù)概述

打開ACT官網(wǎng)，進(jìn)入數(shù)據(jù)庫(kù)主頁(yè)（圖2）。該數(shù)據(jù)庫(kù)的細(xì)胞注釋與細(xì)胞marker下載功能實(shí)用性高，現(xiàn)對(duì)二者的操作方法進(jìn)行介紹。

ACT官網(wǎng)：

圖2 ACT 數(shù)據(jù)庫(kù)主頁(yè)

一. 細(xì)胞注釋

在ACT主頁(yè)進(jìn)行如下操作：

1）輸入物種和組織類型：細(xì)胞注釋需要先選擇物種和組織信息。

2）上傳cluster高表達(dá)基因：將本地已計(jì)算好的每個(gè)細(xì)胞cluster高表達(dá)基因topN上傳，上傳格式參考如下：

3）GSEA注釋：若勾“GSEA”，則同時(shí)執(zhí)行 WISE+GSEA進(jìn)行細(xì)胞注釋。

4）查看歷史注釋結(jié)果：點(diǎn)擊“Submit”后系統(tǒng)分配ID，后續(xù)可在JobID Search中輸入ID查看歷史結(jié)果。

細(xì)胞注釋結(jié)果如下（圖3）

圖3 ACT細(xì)胞注釋結(jié)果頁(yè)面

1）注釋工作信息：顯示本次注釋工作的ID、樣品和組織類型、是否選擇GSEA。

2）注釋結(jié)果選擇：可選擇每個(gè)cluster可能性最高的細(xì)胞類型，或可能性最高的前10個(gè)細(xì)胞類型。

3）下載注釋結(jié)果：點(diǎn)擊下載圖標(biāo)，下載本次注釋結(jié)果。

4）注釋結(jié)果詳情：詳細(xì)展示每個(gè)cluster的注釋結(jié)果。以cluster1為例，列出細(xì)胞本體譜系圖（Cell Ontology）、細(xì)胞類型（Cell Type）、顯著性評(píng)分（Padj）、輸入上調(diào)基因與細(xì)胞型marker基因交集數(shù)量（Overlap Markers）。尾部熱圖的顏色標(biāo)示交集性質(zhì)：紅色是經(jīng)典marker基因；綠色是細(xì)胞型特異的差異表達(dá)基因；紫色為上述兩者皆是。

二. 細(xì)胞marker下載

在ACT主頁(yè)右上方選擇“Download”進(jìn)入下載頁(yè)面（圖4），此處可下載數(shù)據(jù)庫(kù)作者收集的各種組織的細(xì)胞marker信息，操作方式如下：

圖4 ACT細(xì)胞marker下載頁(yè)面

1）選擇物種：下載頁(yè)面左側(cè)為人各組織marker下載界面，右側(cè)為小鼠。

2）輸入感興趣組織類型：在“Search”搜索框中輸入感興趣的組織名稱，下方將與之相關(guān)的結(jié)果篩選出來。

3）下載細(xì)胞marker：在篩選結(jié)果中點(diǎn)擊右側(cè)的“txt”下載圖標(biāo)，即可下載目標(biāo)組織類型的細(xì)胞marker信息，下載到的文件（圖5）包含物種、組織類型、細(xì)胞類型、細(xì)胞類型marker和marker來源文獻(xiàn)（PMID號(hào)）。

圖5 ACT細(xì)胞marker下載結(jié)果

本期我們介紹了ACT數(shù)據(jù)庫(kù)的細(xì)胞注釋和細(xì)胞marker下載功能，為大家的細(xì)胞注釋分析提供了便利的工具。我們后續(xù)也將持續(xù)推出更多生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)的介紹，如果您有特別想了解的數(shù)據(jù)庫(kù)，歡迎在評(píng)論區(qū)留言告訴我們！