Kinnex全長轉(zhuǎn)錄組技術原理流程與應用

轉(zhuǎn)錄組作為連接基因遺傳信息與蛋白功能執(zhí)行的核心樞紐，一直是科學家們關注的焦點，隨著科學探索的不斷深入，研究人員發(fā)現(xiàn)癌癥等復雜疾病往往伴隨著大量可變剪接 (AS) 事件的發(fā)生，準確表征AS產(chǎn)生的全長轉(zhuǎn)錄異構(gòu)體對于生物學和疾病研究至關重要。傳統(tǒng)基于二代短片段測序的bulk RNA-seq必須通過算法來推斷原始轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體，但由于可變剪接的復雜性，許多異構(gòu)體具有高度相似的結(jié)構(gòu)，推斷的轉(zhuǎn)錄本往往不準確。而使用PacBio Kinnex全長轉(zhuǎn)錄本串聯(lián)測序無需cDNA片段化和復雜轉(zhuǎn)錄本組裝即可得到高通量的全長轉(zhuǎn)錄異構(gòu)體序列信息，從而實現(xiàn)更為準確高效的全長轉(zhuǎn)錄異構(gòu)體檢測。

01 Kinnex full-length RNA產(chǎn)品優(yōu)勢

01. 長讀長直接獲取全長轉(zhuǎn)錄本信息
Long reads                                     
長讀長可直接獲得從5'至3'端的全長轉(zhuǎn)錄本信息，便于檢測到新基因和轉(zhuǎn)錄異構(gòu)體。

02. 高準確性
High accuracy
HiFi測序的準確率可達99.9%（Q30），能夠準確表征可變剪接位點。

03. 高性價比
Cost-effective                 
Kinnex全長轉(zhuǎn)錄組建庫方案使用8x cDNA串聯(lián)方式進行文庫構(gòu)建，大幅提升了全長轉(zhuǎn)錄組的測序通量，降低了建庫測序的成本。

02 Kinnex全長轉(zhuǎn)錄組技術原理與流程

Kinnex 全長RNA試劑盒采用MAS-Seq方法來提高PacBio長讀長測序的通量。MAS-Seq 是一種將cDNA分子連接成較長片段的串聯(lián)方法。對串聯(lián)分子測序產(chǎn)生的 HiFi reads 進行生物信息學拆分，即可還原原始cDNA序列。Kinnex全長轉(zhuǎn)錄組建庫流程以RNA作為起始樣本，基于Iso-Seq方法生成全長cDNA，作為Kinnex full-length RNA試劑盒的輸入樣本，以8x cDNA串聯(lián)方式進行文庫構(gòu)建，從而提高通量，減少測序成本，實現(xiàn)經(jīng)濟高效的全長轉(zhuǎn)錄本測序。此外，Kinnex全長轉(zhuǎn)錄組建庫過程中可加入Barcode標簽信息，支持多樣本混樣測序，大大增加了不同數(shù)據(jù)量實驗需求的靈活性。
 

03 Kinnex full-length RNA數(shù)據(jù)表現(xiàn)

下表為UHRR樣本在PacBio的Revio和Vega長讀長平臺的Kinnex測試數(shù)據(jù)，結(jié)果表明，Kinnex數(shù)據(jù)具有高效的數(shù)據(jù)產(chǎn)出和良好的穩(wěn)定性，每個樣本檢測到的基因數(shù)均>20,000，轉(zhuǎn)錄異構(gòu)體>100,000，其中多數(shù)為新發(fā)現(xiàn)的轉(zhuǎn)錄異構(gòu)體，極大的豐富了新轉(zhuǎn)錄本的檢出。

04 Kinnex full-length RNA應用測序推薦

Kinnex全長轉(zhuǎn)錄本測序作為生物學和疾病領域研究的有力工具，可應用于多種場景。在人類疾病研究中，研究人員可用其識別與罕見疾病、表型性狀和神經(jīng)系統(tǒng)疾病相關的異常剪接，用其發(fā)現(xiàn)癌癥驅(qū)動突變，融合基因和新表位，揭示癌癥疫苗研究的潛在候選靶點。在動植物基因組注釋中，亦可輔助進行物種綜合轉(zhuǎn)錄本注釋。下表為針對不同的研究項目和目標推薦的測序數(shù)據(jù)量參考，可根據(jù)實際需求調(diào)整。

訂購信息
Ordering Information
Kinnex 全長轉(zhuǎn)錄組建庫流程需要Iso-Seq express 2.0 kit (103-071-500)和Kinnex full-length RNA kit (103-072-000)兩款試劑盒配合使用。

隨著生命科學探索的逐步深入和測序技術的不斷進步，越來越多的研究人員采用基于Iso-seq的HiFi測序?qū)θ�長轉(zhuǎn)錄本進行解析。例如，有研究人員通過全長轉(zhuǎn)錄異構(gòu)體串聯(lián)測序檢測了兒童彌漫性中線膠質(zhì)瘤與其鄰近非惡性組織相比的差異全長轉(zhuǎn)錄異構(gòu)體表達，發(fā)現(xiàn)細胞外基質(zhì)（ECM）基因在腫瘤樣本中顯著高表達（SPARC 基因的特定異構(gòu)體表達量高出癌旁組織11,676倍），并表征了多個腫瘤特異性新型異構(gòu)體¹。此外，還有研究人員使用基于Iso-Seq的全長轉(zhuǎn)錄本測序鑒定了海牛的新基因位點和轉(zhuǎn)錄異構(gòu)體，強調(diào)了PacBio長讀長測序在轉(zhuǎn)錄異構(gòu)體（isoform）分析中的核心優(yōu)勢和使用高質(zhì)量的轉(zhuǎn)錄本模型結(jié)合從頭算方法進行有效基因組注釋的重要性²。而Kinnex方法帶來的基于Iso-seq的高通量提升，將會極大程度的助力研究人員在疾病標志物、癌癥深度挖掘等多領域的科研探索突破，推動大規(guī)模的全長轉(zhuǎn)錄組研究。

參考文獻
1.Wijeratne, S., Gonzalez, M.E.H., Roach, K. et al. Full-length isoform concatenation sequencing to resolve cancer transcriptome complexity. BMC Genomics 25, 122 (2024). doi: 10.1186/s12864-024-10021-x
2.Paniagua A, Agustín-García C, Pardo-Palacios FJ. et al. Evaluation of strategies for evidence-driven genome annotation using long-read RNA-seq. Genome Res. (2025) Apr 14;35(4):1053-1064. doi: 10.1101/gr.279864.124.
 

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