免疫肽組學(xué)揭示遺傳風(fēng)險(xiǎn)因子攜帶者銀屑病皮損中優(yōu)先呈遞的抗原肽

背景介紹

銀屑病是一種由T細(xì)胞介導(dǎo)的慢性炎癥性皮膚病，其發(fā)病與遺傳因素密切相關(guān)，其中HLA-C*06:02是最強(qiáng)的遺傳風(fēng)險(xiǎn)因子。盡管已有研究提示銀屑病中存在自身免疫反應(yīng)，但驅(qū)動(dòng)疾病的具體自身抗原仍不明確。傳統(tǒng)的抗原發(fā)現(xiàn)方法存在局限性，而免疫肽組學(xué)技術(shù)能夠直接、系統(tǒng)性地鑒定出由HLA分子呈遞的肽段，為在組織水平上揭示疾病的抗原圖譜提供了有力工具。
 
2026年1月bioRxiv發(fā)表了Asolina Braun團(tuán)隊(duì)題目為“Immunopeptidomics reveals peptide antigens preferentially presented in psoriasis lesional skin of HLA-C*06:02 carriers”的預(yù)印本。研究旨在利用免疫肽組學(xué)方法，全面分析銀屑病患者皮損、非皮損及健康人皮膚中由HLA Ⅰ類和Ⅱ類分子呈遞的肽段，特別關(guān)注HLA-C*06:02陽(yáng)性患者皮損中是否存在特異性的抗原肽，以尋找與疾病相關(guān)的候選自身抗原。

研究中使用PEAKS Online軟件對(duì)質(zhì)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行數(shù)據(jù)庫(kù)檢索，以鑒定HLA結(jié)合肽的氨基酸序列，這是將原始質(zhì)譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為肽段身份信息的關(guān)鍵步驟。
 

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研究方法

研究招募了20名銀屑病患者（12名尋常型，8名滴狀型）和16名健康對(duì)照（Table 1），并采集每位參與者皮損區(qū)與非皮損區(qū)的皮膚穿刺活檢樣本。使用免疫沉淀技術(shù)分離HLA Ⅰ類和Ⅱ類肽復(fù)合物。通過(guò)液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜（LC-MS/MS）進(jìn)行HLA結(jié)合肽的鑒定，以及通過(guò)PCR對(duì)患者進(jìn)行HLA-C*06:02等位基因分型。

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研究結(jié)果

1.銀屑病皮損樣本檢測(cè)出更多的免疫肽

在所有樣本中共鑒定出超過(guò)99,000條非冗余的HLA結(jié)合肽，長(zhǎng)度過(guò)濾后，保留了54,816個(gè)HLA Ⅰ類配體和28,139個(gè)HLA Ⅱ類配體。皮損區(qū)鑒定出的HLA Ⅰ類和Ⅱ類肽段數(shù)量顯著高于對(duì)應(yīng)的非皮損區(qū)和健康皮膚。此外，在非病變區(qū)域樣本和健康樣本中檢測(cè)到的肽段，在病變樣本中大多也有出現(xiàn)（分別為87.5%和79.2%）。另一方面，有27,457個(gè)HLA Ⅰ類結(jié)合肽段（占45%）和15,325個(gè)HLA Ⅱ類結(jié)合肽段（占54%）僅在病變皮膚樣本中被檢測(cè)到。
2.發(fā)現(xiàn)HLA-C*06:02限制性的皮損特異性抗原肽

在7例HLA-C*06:02陽(yáng)性患者中，鑒定出三個(gè)在所有皮損樣本中均檢出、且未在非皮損皮膚中檢測(cè)到的九肽，這些肽段均被預(yù)測(cè)為HLA-C*06:02的強(qiáng)結(jié)合肽：MRASSFLIV（來(lái)源于蛋白酶抑制劑3，即PI3）、SNSDVIRQV（來(lái)源于泛素羧基末端水解酶L5，即UCHL5）、FRSEDIKRL（來(lái)源于保守寡聚高爾基體復(fù)合物亞基4，即COG4））。

此外，在絕大多數(shù)陽(yáng)性皮損中還高頻檢出了其他肽段，包括兩個(gè)被預(yù)測(cè)為HLA-C*06:02結(jié)合肽，分別為來(lái)源于干擾素誘導(dǎo)的GTP結(jié)合蛋白Mx1（MX1）的KVVDVVRNL和蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白Sec61亞基α的TRTDKVRAL。同時(shí)，也鑒定出三個(gè)未被預(yù)測(cè)為HLA-C*06:02結(jié)合配體的肽段，它們分別來(lái)源于角質(zhì)形成細(xì)胞分化相關(guān)蛋白（KRTDAP）和核糖體蛋白。
 
3.關(guān)鍵抗原來(lái)源蛋白的表達(dá)驗(yàn)證

免疫組化證實(shí)，PI3蛋白在銀屑病皮損的表皮層中高表達(dá)，且其表達(dá)區(qū)域與HLA-C的表達(dá)及CD8+ T細(xì)胞的浸潤(rùn)區(qū)域高度重合，為PI3衍生肽段（MRASSFLIV）作為CD8+ T細(xì)胞靶標(biāo)提供了組織學(xué)層面的空間關(guān)聯(lián)證據(jù)。
 
4.KRTDAP是HLA II型免疫肽的主要來(lái)源

在HLA Ⅱ類肽段中，角質(zhì)形成細(xì)胞分化相關(guān)蛋白（KRTDAP）是皮損特異性肽段的重要來(lái)源。在至少半數(shù)皮損中檢測(cè)到的6條核心Ⅱ類肽段中，有3條來(lái)源于KRTDAP。

其中一條KRTDAP衍生肽（RPEAFNTPFLNIDK）包含了先前被識(shí)別為皮損特異性HLA Ⅰ類配體的一個(gè)8肽序列（NTPFLNID），提示KRTDAP可能同時(shí)被CD4+和CD8+ T細(xì)胞識(shí)別。

5.候選免疫肽的來(lái)源蛋白分析

為了能夠?qū)Σ煌?HLA 分型的患者進(jìn)行比較，研究分析肽段的來(lái)源蛋白以尋找共有的皮損特異性抗原來(lái)源。分析結(jié)果顯示，在HLA Ⅰ類肽段追溯到的9,796個(gè)獨(dú)特來(lái)源蛋白中，有2,673個(gè)為皮損所獨(dú)有，而HLA Ⅱ類肽段對(duì)應(yīng)的2,717個(gè)蛋白中也有935個(gè)僅在皮損中檢出；在病變特異性來(lái)源蛋白質(zhì)中，分別有10個(gè)和5個(gè)蛋白在超過(guò)半數(shù)的相應(yīng)樣本中高頻出現(xiàn)。進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)，這些候選蛋白均在皮膚中表達(dá)，且Ⅰ類配體主要源于胞內(nèi)或膜蛋白，Ⅱ類配體則多來(lái)自分泌蛋白——唯一的例外是分泌蛋白PI3，其通過(guò)呈遞自身信號(hào)肽或前肽片段（如MRASSFLIV）而進(jìn)入Ⅰ類呈遞途徑。功能注釋表明這些蛋白廣泛參與RNA加工、DNA修復(fù)、代謝及免疫調(diào)節(jié)等多種生物過(guò)程，但基于STRING數(shù)據(jù)庫(kù)的互作網(wǎng)絡(luò)分析并未發(fā)現(xiàn)它們之間存在直接的相互作用。此外，未發(fā)現(xiàn)任何單一的源蛋白能夠區(qū)分銀屑病亞型或HLA-Cw6狀態(tài)。

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結(jié)論與意義

本研究系統(tǒng)描繪了銀屑病皮損與非皮損皮膚中HLA Ⅰ類和Ⅱ類呈遞的免疫肽組全景圖，指出了PI3、MX1和KRTDAP等是極具潛力的候選自身抗原，其中PI3來(lái)源的MRASSFLIV肽在HLA-C*06:02陽(yáng)性患者皮損中普遍且特異性檢出，為理解該遺傳風(fēng)險(xiǎn)因子的致病機(jī)制提供了分子線索。該研究為銀屑病的抗原特異性機(jī)制研究提供了重要資源，所鑒定的肽抗原譜為未來(lái)探索靶向免疫治療策略奠定了數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。
 

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研究的局限與展望

作者客觀指出了本研究的局限性：不同樣本間HLA等位基因表達(dá)的差異、以及因活檢組織大小有限、炎癥程度不一及采用數(shù)據(jù)依賴性采集質(zhì)譜方法等因素導(dǎo)致的肽段產(chǎn)量差異，均給定量比較帶來(lái)了挑戰(zhàn)；使用泛HLA抗體分離肽段的方法，無(wú)法將單個(gè)肽段明確歸屬于特定的HLA亞型，未來(lái)需采用等位基因特異性免疫沉淀技術(shù)（特別是針對(duì)HLA-C）來(lái)突破這一限制。
 

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原文鏈接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.01.24.701535v1

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