SDS-PAGE在化學(xué)交聯(lián)質(zhì)譜中的重要性

1、SDS-PAGE 質(zhì)控重要性

使用 SDS-PAGE 在交聯(lián)質(zhì)譜的質(zhì)控中十分重要。通過對交聯(lián)和未交聯(lián)產(chǎn)物條帶檢測，來評估交聯(lián)效率和確認(rèn)蛋白復(fù)合物的形成狀態(tài)。通過觀察交聯(lián)后高分子量條帶與未交聯(lián)單體條帶的比例，可以避免過度交聯(lián)（即形成大量難以消化的聚集物，導(dǎo)致質(zhì)譜數(shù)據(jù)質(zhì)量下降），從而指導(dǎo)后續(xù)酶切消化和最大化交聯(lián)肽段的得率，確保最終質(zhì)譜分析的成功。

2、SDS-PAGE 質(zhì)控的具體原則

• 實驗組設(shè)置

 對照組（Control）：蛋白樣品+ 緩沖液（不含交聯(lián)劑）。

 實驗組（Test）：蛋白樣品+ 交聯(lián)劑(不同濃度的交聯(lián)劑)。

• 觀察結(jié)果與判斷原則

在 SDS-PAGE 凝膠上，將實驗組與對照組進(jìn)行對比，判斷交聯(lián)效果是否理想：

理想交聯(lián)效果：約有一半的單體（Monomer）蛋白仍然保留。凝膠上出現(xiàn)清晰的高分子量條帶或階梯狀條帶（代表二聚體、三聚體或更高階復(fù)合物）。

交聯(lián)過度（Over-crosslinking）：單體條帶幾乎消失，所有蛋白都聚集在膠的頂部或形成大量涂抹狀的高分子量產(chǎn)物。

交聯(lián)不足（Under-crosslinking）：高分子量條帶不明顯或缺失，蛋白幾乎全部以單體形式存在。

3、根據(jù) SDS-PAGE 質(zhì)控結(jié)果進(jìn)行后續(xù)實驗（以某次服務(wù)項目為例）

選擇了經(jīng)深圳達(dá)遠(yuǎn)辰光科技有限公司優(yōu)化的交聯(lián)劑進(jìn)行了交聯(lián)測定。從 SDS-PAGE 的結(jié)果中無法找到很明顯的各個亞基的條帶。蛋白豐度過低，存在雜蛋白影響，很難確定最佳的交聯(lián)劑濃度，后續(xù)質(zhì)譜測定也有可能因為豐度過低而導(dǎo)致無法檢測到信號。故需再次富集蛋白，提高蛋白濃度和純度，避免因樣本環(huán)節(jié)而影響到實驗結(jié)果的檢測。