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DNA甲基化是重要的表觀遺傳學標記信息，我們以新一代高通量測序平臺為基礎，進行低成本、高效率、高準確度的全基因組DNA甲基化水平圖譜繪制。
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DNA甲基化是重要的表觀遺傳學標記信息，獲得全基因組范圍內(nèi)所有C位點的甲基化水平數(shù)據(jù)，對于表觀遺傳學的時空特異性研究具有重要意義。我們以新一代高通量測序平臺為基礎，進行低成本、高效率、高準確度的全基因組DNA甲基化水平圖譜繪制。特定物種的高精確度甲基化修飾模式的分析，必將在表觀基因組學研究中具有里程碑式的意義，并為細胞分化、組織發(fā)育等基礎機制研究，以及動植物育種、人類健康與疾病研究奠定基礎。
技術路線
生物信息學分析
樣品要求
1) 樣品總量：≥ 3ug;
2) 樣品濃度：≥ 50ng/ul。
3) 樣品純度：OD值260/280應在1.8～2.0;
4) 樣品質量：基因組完整、無降解、無污染。
5) 樣品包裝：用封口膜密封樣品，DNA低溫運輸（-20℃）。
應用案例
Conservation and divergence of methylation patterning in plants and animals Feng S，Cokus SJ et al.(2010) PNAS
背景：
1. 胞嘧啶甲基化是一種存在多種真核生物DNA中的表觀遺傳標記，盡管DNA甲基化多在基因沉默中有著保守的作用，但DNA甲基化的水平和模式在不同生物體中存在極大的差異。
2. 利用全基因組鳥槍法重亞硫酸測序（WGBS-Seq）,對雄蜜蜂、海鞘、小鼠、斑馬魚、綠衣藻、粳稻、擬南芥、楊樹8個物種比較，利用得到的數(shù)據(jù)分析結果可以幫助研究者選擇合適的模式生物進行研究，還可以證明WGBS-Seq的多功能性。
研究方法：
1.從雄蜜蜂、海鞘、小鼠、斑馬魚、綠衣藻、水稻、擬南芥、楊樹8個物種的組織提取DNA。
2.WGBS-Seq測序文庫構建。
3.Illumina GA 測序，分別得到118.4Mb-2.72Gb序列數(shù)據(jù)。
4.生物信息學分析。
結果分析:
1. 開花植物甲基化模式很類似，均檢測到甲基化的胞嘧啶。而動物中基本都是CG甲基化。除CpG島外，脊椎動物整個基因組都存在甲基化，且大多數(shù)生物基因組甲基化都很保守傾向于外顯子，海鞘和蜜蜂中基因是主要的甲基化靶點，綠衣藻有特別的甲基化模式，非CG甲基化主要集中在基因的外顯子而不是重復序列和轉座子中。
2. Dnmt1(Mouse, Zebrafish)/ MET1 (Arabidopsis)的輔助因子Uhrf1(Mouse, Zebrafish)/VIM(Arabidopsis)有著保守的功能，維持小鼠、擬南芥和斑馬魚基因組中轉座子和基因的CG甲基化。
參考文獻
[1] Xiang H, Zhu J, Chen Q, et al. Single base-resolution methylome of the silkworm reveals a sparse epigenomic map. Nat Biotechnol 2010;28:516-20.
[2] Lister R, Pelizzola M, Dowen RH, et al. Human DNA methylomes at base resolution show widespread epigenomicdifferences.Nature, 2009, 462:315-322.
[3] Feng S, Cokus SJ, Zhang X, et al.Conservation and divergence of methylation patterning in plants and animals.ProcNatlAcad Sci., 2010, 107:8689–8694.
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