DSP空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的原理、操作流程、優(yōu)勢及應(yīng)用
空間生物學(xué)是生命科學(xué)領(lǐng)域的革命性突破方向，而數(shù)字空間轉(zhuǎn)錄組（DSP）技術(shù)作為空間多組學(xué)的核心支撐，徹底打破了傳統(tǒng)轉(zhuǎn)錄組研究丟失空間位置信息的局限。上海樂備實(shí)（Labex）引入GeoMx DSP技術(shù)平臺，打造專業(yè)化空間轉(zhuǎn)錄組檢測服務(wù)，實(shí)現(xiàn)基因表達(dá)信息與組織空間定位的精準(zhǔn)關(guān)聯(lián)，為疾病機(jī)制研究、生物標(biāo)志物篩選及靶向治療開發(fā)提供全新技術(shù)路徑。本文將系統(tǒng)解析樂備實(shí) DSP 空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的核心優(yōu)勢、應(yīng)用價(jià)值及臨床轉(zhuǎn)化潛力。
1.1 技術(shù)背景
空間多組學(xué)技術(shù)自 2020 年被《Nature Methods》評為 “年度技術(shù)” 后，持續(xù)成為生命科學(xué)領(lǐng)域的研究熱點(diǎn)，2022 年再次被《Nature》列為高關(guān)注度技術(shù)。傳統(tǒng)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組雖能解析細(xì)胞異質(zhì)性，卻丟失了關(guān)鍵的空間位置信息，而 DSP 空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)完美彌補(bǔ)這一缺陷，實(shí)現(xiàn) “基因表達(dá) + 空間定位” 的雙重維度解析，為揭示組織微環(huán)境中細(xì)胞互作機(jī)制提供了可能。樂備實(shí)基于 NanoString GeoMx DSP 技術(shù)平臺，構(gòu)建了覆蓋 RNA 和蛋白質(zhì)水平的空間多組學(xué)檢測體系，成為轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究的核心技術(shù)支撐。
DSP 技術(shù)的核心是通過 “熒光標(biāo)記 - 區(qū)域選擇 - 信號捕獲” 的閉環(huán)流程，實(shí)現(xiàn)特定空間區(qū)域的分子表達(dá)譜分析。其關(guān)鍵技術(shù)原理包括三點(diǎn)：
一是采用寡核苷酸標(biāo)簽標(biāo)記抗體或 RNA 探針，實(shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)或 RNA 的多重信號讀�。�
二是通過光切割接頭將標(biāo)簽與親和試劑連接，可精準(zhǔn)釋放目標(biāo)區(qū)域的分子信號；
三是通過定制化光投射模式，靈活選擇 1 至 5000 個(gè)細(xì)胞組成的感興趣區(qū)域（ROI），實(shí)現(xiàn)針對性檢測。
該技術(shù)可同步解析約 20000 個(gè) RNA 或 100 種蛋白質(zhì)的空間表達(dá)信息，為深度挖掘分子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)提供全面數(shù)據(jù)支撐。
基于標(biāo)準(zhǔn)化實(shí)驗(yàn)流程與專業(yè)技術(shù)團(tuán)隊(duì)，構(gòu)建了高效穩(wěn)定的 DSP 檢測服務(wù)體系，核心操作流程如下：
- 樣本制備與處理：兼容福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）、新鮮凍存組織、穿刺樣本及組織芯片（TMA）等多種樣本類型，無需復(fù)雜解離，直接保留組織原始結(jié)構(gòu)。樣本經(jīng)脫蠟、抗原修復(fù)后，進(jìn)行核酸或蛋白水平的探針 / 抗體孵育。
- ROI 區(qū)域定義與標(biāo)記：結(jié)合病理形態(tài)學(xué)特征，通過激光掃描精準(zhǔn)圈定目標(biāo)感興趣區(qū)域（如腫瘤核心區(qū)、腫瘤 - 基質(zhì)界面、正常組織對照區(qū)等），實(shí)現(xiàn)特異性區(qū)域選擇。
- 光切割與信號釋放：通過特定波長激光照射目標(biāo)區(qū)域，觸發(fā)光切割接頭斷裂，釋放帶有特異性標(biāo)簽的寡核苷酸分子，確保信號的空間特異性。
- 信號檢測與數(shù)據(jù)分析：回收釋放的標(biāo)簽分子，通過 nCounter 數(shù)字條碼技術(shù)進(jìn)行高通量信號檢測，結(jié)合樂備實(shí)定制化分析流程，生成基因表達(dá)矩陣、空間表達(dá)圖譜、差異分析結(jié)果及功能富集報(bào)告，實(shí)現(xiàn)從數(shù)據(jù)到結(jié)論的完整轉(zhuǎn)化。
DSP空間組學(xué)適配樣本相較于傳統(tǒng)轉(zhuǎn)錄組測序、免疫組化等基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)技術(shù)，樂備實(shí) DSP 空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)具有顯著優(yōu)勢：
- 空間信息完整保留：突破傳統(tǒng)轉(zhuǎn)錄組 “丟失空間坐標(biāo)” 的瓶頸，實(shí)現(xiàn)基因表達(dá)與組織位置的精準(zhǔn)對應(yīng)，真正揭示 “哪里的細(xì)胞在表達(dá)什么基因”。
- 樣本兼容性極強(qiáng)：針對臨床最常見的 FFPE 樣本表現(xiàn)優(yōu)異，打破困難樣本與前沿技術(shù)的應(yīng)用壁壘，充分利用臨床存量樣本資源。
- 高通量與高靈敏度兼顧：同步檢測數(shù)千個(gè)基因或上百種蛋白，單細(xì)胞級靈敏度可精準(zhǔn)捕獲低豐度分子表達(dá)信號，兼顧廣度與深度。
- 靈活定制化檢測：可自由選擇任意感興趣區(qū)域，支持多區(qū)域?qū)Ρ确治觯珳?zhǔn)聚焦關(guān)鍵病理區(qū)域的分子特征，避免整體檢測的信號稀釋。
- 多組學(xué)整合能力：同時(shí)支持 RNA 和蛋白質(zhì)水平檢測，可與單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)聯(lián)合分析，實(shí)現(xiàn) “細(xì)胞身份定義 + 空間位置定位 + 功能機(jī)制解析” 的研究閉環(huán)。
胃癌作為全球高發(fā)惡性腫瘤，其異質(zhì)性強(qiáng)、預(yù)后差異大的特點(diǎn)給臨床診療帶來巨大挑戰(zhàn)。樂備實(shí) DSP 空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)針對腫瘤內(nèi)科胃癌研究的核心需求，提供全方位技術(shù)支撐：
4.1 疾病研究核心方向
- 胃癌腫瘤微環(huán)境異質(zhì)性解析：精準(zhǔn)區(qū)分腫瘤核心區(qū)、腫瘤 - 基質(zhì)界面（TSI）、癌旁正常組織的分子表達(dá)差異，揭示不同區(qū)域的細(xì)胞組成與功能特征。
- 轉(zhuǎn)移相關(guān)機(jī)制研究：聚焦 TSI 區(qū)域的分子互作網(wǎng)絡(luò)，挖掘促進(jìn)腫瘤侵襲轉(zhuǎn)移的關(guān)鍵信號通路與調(diào)控基因。
- 免疫治療療效預(yù)測：分析免疫細(xì)胞在腫瘤組織中的空間分布特征，評估免疫檢查點(diǎn)分子的空間表達(dá)模式，為免疫治療方案選擇提供依據(jù)。
- 預(yù)后標(biāo)志物篩選：鑒定與胃癌患者生存期相關(guān)的空間特異性分子標(biāo)志物，助力臨床預(yù)后分層。
- 突破異質(zhì)性解析瓶頸：傳統(tǒng)檢測難以區(qū)分腫瘤組織中不同亞群的分子特征，DSP 技術(shù)可精準(zhǔn)定位高侵襲性腫瘤亞群（如 G2 亞型）的空間分布，揭示其與免疫抑制微環(huán)境的關(guān)聯(lián)。
- 闡明細(xì)胞互作機(jī)制：明確腫瘤細(xì)胞與癌相關(guān)成纖維細(xì)胞、免疫細(xì)胞的空間共定位關(guān)系，解析 “細(xì)胞 - 細(xì)胞” 通訊的分子基礎(chǔ)，如 TSI 區(qū)域 GREM1+ myCAF 細(xì)胞與腫瘤細(xì)胞的互作機(jī)制。
- 挖掘潛在治療靶點(diǎn)：發(fā)現(xiàn)空間特異性高表達(dá)基因（如 SOX9、ITGB1 等），為靶向藥物研發(fā)提供全新靶點(diǎn)，部分靶點(diǎn)已通過 CRISPR 篩選驗(yàn)證其促腫瘤功能。
- 優(yōu)化臨床樣本利用：基于 FFPE 樣本的高效檢測能力，充分挖掘臨床存量樣本的科研價(jià)值，降低樣本收集難度，加速轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究進(jìn)程。
上海樂備實(shí)（U-Labex）是國內(nèi) DSP 空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)服務(wù)提供商，依托 GeoMx DSP 平臺打造了標(biāo)準(zhǔn)化、高性價(jià)比的檢測服務(wù)體系。其產(chǎn)品有：
| 貨號 | 產(chǎn)品名 |
| LXDSWH48-1 | DSP人空間全轉(zhuǎn)錄組圖譜_WTA_48 |
| LXDSCH24-1 | DSP人癌癥空間轉(zhuǎn)錄組圖譜_CTA_24 |
更多產(chǎn)品詳情可訪問樂備實(shí)官方網(wǎng)站查詢。
DSP 空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)通過 “空間定位 + 高通量分子檢測” 的核心優(yōu)勢，徹底革新了組織生物學(xué)研究模式，尤其在腫瘤內(nèi)科胃癌等疾病的異質(zhì)性解析、機(jī)制研究及靶點(diǎn)發(fā)現(xiàn)中發(fā)揮不可替代的作用。憑借兼容臨床樣本、高靈敏度、靈活定制等技術(shù)特點(diǎn)，樂備實(shí)將持續(xù)為科研工作者提供專業(yè)的技術(shù)支撐，加速疾病機(jī)制研究與臨床轉(zhuǎn)化進(jìn)程，為精準(zhǔn)醫(yī)療發(fā)展注入核心動力。
樂備實(shí)（上海優(yōu)寧維生物科技股份有限公司旗下全資子公司），是國內(nèi)專注于提供高質(zhì)量蛋白檢測以及組學(xué)分析服務(wù)的實(shí)驗(yàn)服務(wù)專家，自2018年成立以來，樂備實(shí)不斷尋求突破，公司的服務(wù)技術(shù)平臺已擴(kuò)展到單細(xì)胞測序、空間多組學(xué)、流式檢測、超敏電化學(xué)發(fā)光、Luminex多因子檢測、抗體芯片、PCR Array、ELISA、Elispot、PLA蛋白互作、多色免疫組化、DSP空間多組學(xué)等30多個(gè)，建立起了一套涵蓋基因、蛋白、細(xì)胞以及組織水平實(shí)驗(yàn)的完整檢測體系。
原文點(diǎn)擊：DSP空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)：精準(zhǔn)解碼組織空間異質(zhì)性
樂備實(shí)（上海優(yōu)寧維生物科技股份有限公司旗下全資子公司），是國內(nèi)專注于提供高質(zhì)量蛋白檢測以及組學(xué)分析服務(wù)的實(shí)驗(yàn)服務(wù)專家，自2018年成立以來，樂備實(shí)不斷尋求突破，公司的服務(wù)技術(shù)平臺已擴(kuò)展到單細(xì)胞測序、空間多組學(xué)、流式檢測、超敏電化學(xué)發(fā)光、Luminex多因子檢測、抗體芯片、PCR Array、ELISA、Elispot、PLA蛋白互作、多色免疫組化、DSP空間多組學(xué)等30多個(gè)，建立起了一套涵蓋基因、蛋白、細(xì)胞以及組織水平實(shí)驗(yàn)的完整檢測體系。
標(biāo)簽：
DSP空間多組學(xué)
空間轉(zhuǎn)錄組
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