首先,在實(shí)驗(yàn)適應(yīng)性方面,該平臺(tái)對(duì)細(xì)胞活性的要求相對(duì)較低(>50%),這一特性使其在處理臨床樣本等細(xì)胞活性可能受損的復(fù)雜材料時(shí)具備顯著優(yōu)勢(shì)。其次,平臺(tái)采用靈活可調(diào)的檢測(cè)方案設(shè)計(jì),用戶可根據(jù)研究需求在"全轉(zhuǎn)錄組"與"靶向Panel"模式間進(jìn)行選擇,為目標(biāo)基因檢測(cè)提供更高的測(cè)序深度與成本效益。此外,系統(tǒng)通過成像監(jiān)控機(jī)制有效控制雙聯(lián)體率,提升了單細(xì)胞數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性。 
細(xì)胞捕獲與標(biāo)記原理:10x Genomics主要采用基于微流控油滴包裹的GemCode技術(shù),將單個(gè)細(xì)胞與帶有獨(dú)特分子標(biāo)識(shí)符(UMI)的磁珠共同封裝在油滴內(nèi),完成逆轉(zhuǎn)錄與條形碼標(biāo)記,通量高且流程自動(dòng)化程度強(qiáng)。而BD Rhapsody平臺(tái)則基于微孔板捕獲原理,通過確定性細(xì)胞分選將細(xì)胞分配至含有條形碼磁珠的納升微孔中,其優(yōu)勢(shì)在于細(xì)胞捕獲效率高、樣本損失率低,并能實(shí)現(xiàn)更靈活的細(xì)胞捕獲前篩選或標(biāo)記實(shí)驗(yàn)。
文庫(kù)構(gòu)建與數(shù)據(jù)分析邏輯:在文庫(kù)制備方面,10x的方案為基于油滴的一次性全轉(zhuǎn)錄組捕獲,流程標(biāo)準(zhǔn)化。BD則采用“靶向”或“全轉(zhuǎn)錄組”可切換的Panel設(shè)計(jì),允許用戶根據(jù)研究目標(biāo)定制目標(biāo)基因集,在特定研究方向上可能獲得更高的測(cè)序深度與成本效益。下游生物信息學(xué)分析流程因此各有側(cè)重,10x生態(tài)擁有更龐大的公共數(shù)據(jù)集與標(biāo)準(zhǔn)化分析工具(如Cell Ranger),而BD的數(shù)據(jù)則需依賴其配套的分析套件或更靈活的定制化分析流程。
應(yīng)用場(chǎng)景選擇:綜上所述,選擇何種平臺(tái)取決于具體科學(xué)問題。當(dāng)研究側(cè)重于發(fā)現(xiàn)未知細(xì)胞類型、進(jìn)行無(wú)偏倚的細(xì)胞圖譜繪制,且需要處理大量樣本時(shí),10x的高通量、標(biāo)準(zhǔn)化流程更具優(yōu)勢(shì)。反之,若研究聚焦于特定細(xì)胞亞群、稀有細(xì)胞或需要更高目標(biāo)基因檢測(cè)靈敏度與測(cè)序深度,例如在腫瘤免疫或干細(xì)胞分化等領(lǐng)域進(jìn)行深度機(jī)制挖掘,BD平臺(tái)的靶向性與靈活性則可能提供更優(yōu)化的解決方案。兩者共同推動(dòng)了單細(xì)胞研究向更精細(xì)、更深入的方向發(fā)展。
三、10x Genomics Chromium與BD Rhapsody單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)核心參數(shù)比較| 比較維度 | 10x Genomics Chromium | BD Rhapsody |
|---|---|---|
| 核心實(shí)驗(yàn)參數(shù) | ||
| 單次文庫(kù)構(gòu)建成本(約) | 1600美元 | 1400美元 |
| 標(biāo)準(zhǔn)實(shí)驗(yàn)流程耗時(shí) | ~8小時(shí) | ~10小時(shí) |
| 細(xì)胞活性要求 | >80% | >50% |
| 推薦上樣細(xì)胞數(shù) | 500 - 25,000個(gè) | 2,000 - 40,000個(gè) |
| 預(yù)計(jì)回收細(xì)胞數(shù) | 100 - 16,000個(gè) | 100 - 25,000個(gè) |
| 技術(shù)原理與特性 | ||
| 單細(xì)胞分離原理 | 微流控油滴包裹 | 微孔板捕獲 |
| RNA捕獲磁珠 | 凝膠磁珠 | 磁性磁珠 |
| 全長(zhǎng)cDNA合成 | 是(基于TSO模板轉(zhuǎn)換) | 否(基于RPE隨機(jī)引物延伸) |
| 雙聯(lián)體率控制 | 依賴微流控優(yōu)化 | 較低(可通過成像系統(tǒng)監(jiān)控與篩選) |
| 功能與應(yīng)用范圍 | ||
| 單細(xì)胞基因表達(dá)譜 | 支持 | 支持 |
| 細(xì)胞表面蛋白檢測(cè) | 支持(CITE-seq) | 支持(BD AbSeq) |
| 免疫受體譜分析 | 支持(VDJ) | 支持(VDJ) |
| 單細(xì)胞ATAC-seq | 支持 | 不支持 |
| 流程與操作性 | ||
| 流程自動(dòng)化程度 | 高,高度標(biāo)準(zhǔn)化 | 中等,手動(dòng)操作環(huán)節(jié)較多 |
| 實(shí)驗(yàn)中途安全暫停點(diǎn) | 5個(gè) | 4個(gè) |
| 單次運(yùn)行樣本數(shù) | 可多樣本混合(依賴于芯片) | 通常為單一樣本 |
| 主要優(yōu)勢(shì) | 通量高、操作標(biāo)準(zhǔn)化、細(xì)胞回收率高、多組學(xué)整合生態(tài)完善 | 對(duì)細(xì)胞活性要求更寬松、雙聯(lián)體率低、可靶向定制Panel |
| 主要局限 | 對(duì)樣本新鮮度要求高、需較高細(xì)胞活性、檢測(cè)mRNA分子比例有限 | 對(duì)起始細(xì)胞數(shù)量要求較高、手動(dòng)操作多、通量相對(duì)受限 |
總結(jié)與選擇建議: 10x Genomics Chromium平臺(tái)憑借其標(biāo)準(zhǔn)化流程、高回收率及強(qiáng)大的多組學(xué)生態(tài),適用于追求高通量、系統(tǒng)性探索性研究或樣本量有限的課題。BD Rhapsody平臺(tái)則在處理細(xì)胞活性較低的復(fù)雜樣本(如臨床組織)方面更具韌性,其低雙聯(lián)體率和靶向設(shè)計(jì)有利于提高目標(biāo)基因檢測(cè)的靈敏度與準(zhǔn)確性,適用于對(duì)數(shù)據(jù)精準(zhǔn)度有特殊要求、且能提供足量細(xì)胞的研究場(chǎng)景。研究者應(yīng)根據(jù)具體的科學(xué)問題、樣本條件與實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)進(jìn)行選擇。
四、技術(shù)發(fā)展與展望總而言之,BD單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)憑借其獨(dú)特的技術(shù)特性和應(yīng)用優(yōu)勢(shì),在單細(xì)胞研究領(lǐng)域發(fā)揮著不可替代的作用。平臺(tái)的技術(shù)特點(diǎn)使其特別適合處理復(fù)雜的臨床樣本和進(jìn)行靶向性深入研究,為科研工作者提供了重要的技術(shù)選擇。隨著技術(shù)進(jìn)步和應(yīng)用拓展,該平臺(tái)將繼續(xù)推動(dòng)單細(xì)胞研究向更高精度、更深層次的方向發(fā)展。

五、BD單細(xì)胞測(cè)序哪個(gè)公司提供?
LabEx依托BD Rhapsody™單細(xì)胞多組學(xué)平臺(tái),為您提供從樣本處理到數(shù)據(jù)洞察的全流程BD單細(xì)胞測(cè)序解決方案。該平臺(tái)基于微孔板與分子索引技術(shù),結(jié)合高通量測(cè)序,可實(shí)現(xiàn)對(duì)數(shù)千至上萬(wàn)個(gè)單細(xì)胞進(jìn)行高捕獲率、高靈敏度的轉(zhuǎn)錄組、蛋白組或免疫組庫(kù)分析。
| 服務(wù)名稱 | 服務(wù)內(nèi)容 |
| 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(ScRNA-seq) | 在單細(xì)胞水平對(duì)全mRNA表達(dá)譜進(jìn)行檢測(cè) |
| 單細(xì)胞蛋白檢測(cè)(Ab-seq) | 在單細(xì)胞水平同時(shí)檢測(cè)蛋白和基因表達(dá)的多組學(xué)研究,針對(duì)人蛋白249個(gè)+小鼠蛋白219個(gè)抗體,更大panel可定制 |
| 單細(xì)胞免疫組庫(kù)測(cè)序 | 富集TCR/BCR基因并測(cè)序,實(shí)現(xiàn)免疫組庫(kù)多樣性,多種屬檢測(cè) |
樂備實(shí)是國(guó)內(nèi)專注于提供高質(zhì)量蛋白檢測(cè)以及組學(xué)分析服務(wù)的實(shí)驗(yàn)服務(wù)專家,自2018年成立以來(lái),樂備實(shí)不斷尋求突破,公司的服務(wù)技術(shù)平臺(tái)已擴(kuò)展到單細(xì)胞測(cè)序、空間多組學(xué)、流式檢測(cè)、超敏電化學(xué)發(fā)光、Luminex多因子檢測(cè)、抗體芯片、PCR Array、ELISA、Elispot、PLA蛋白互作、多色免疫組化、DSP空間多組學(xué)等30多個(gè),建立起了一套涵蓋基因、蛋白、細(xì)胞以及組織水平實(shí)驗(yàn)的完整檢測(cè)體系。
原文點(diǎn)擊:BD單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)技術(shù)評(píng)述及其與10x Genomics的比較分析