甲基化捕獲測序助力ALS患者進展和生存相關的DNA甲基化研究
期刊：Journal of Neurology
影響因子：6
伯豪技術服務：甲基化捕獲測序MCseq
樣本設置：41個ALS患者和27個健康對照的外周血樣本
文章概要
肌萎縮側索硬化（amyotrophic lateral sclerosis, ALS）是一種累及上下運動神經元系統(tǒng)的致殘性致死性神經系統(tǒng)變性疾病。ALS發(fā)病機制與表觀遺傳學有關。本研究是由四川大學華西醫(yī)院神經內科/神經退行性疾病研究室商慧芳教授團隊解析與患者疾病進展和生存的臨床異質性相關的DNA甲基化譜。研究中納入了41例散發(fā)性ALS患者，中位隨訪時間為86.9個月，27例嚴格匹配的健康對照。進行基于血液的全基因組DNA甲基化分析。結果發(fā)現(xiàn)共有948個與進展率相關的差異甲基化位點，298個與進展率相關的差異甲基化位點。采用互補分組策略，共鑒定出948個與進展率相關的差異甲基化位點，298個與進展率相關的差異甲基化區(qū)域(R-DMRs)，590個與生存時間相關的DMP和197個與生存時間相關的DMRs (S-DMRs)。差異甲基化基因的富集分析強調突觸和軸突參與ALS的進展和生存。臨床分析顯示，PRDM8中R-DMR的平均甲基化水平與疾病進展率呈正相關(r = 0.479, p = 0.002)。DNA甲基化有望成為追蹤疾病進展和預測生存結果的潛在生物標志物，也為精準醫(yī)學提供了靶標。
圖2 ALS患者的DNA甲基化、進展率和生存時間。A PRDM8 R-DMR平均甲基化水平與進展率之間的相關性。B ANKRD33 R-DMR平均甲基化水平與進展率的相關性。C ZNF696 S-DMR的Kaplan-Meier曲線。D RAI1 S-DMR的Kaplan-Meier曲線。
小編以為這篇文章采用的思路屬于經典的G1 VS G2（患者VS 健康；亞組1 VS亞組2）的組間比較差異分析，在經典思路基礎上又有亮點：1.完善的臨床生存信息，在樣本選取時就考慮收集全面的樣本信息，之后可用于進一步分析差異甲基化位點與生存的關聯(lián)。2. 嚴格匹配了健康個體，ALS患者存在DNA甲基化改變與代謝、炎癥和膽固醇途徑有關。在該項研究分析中，研究人員也考慮了環(huán)境因素對DNA甲基化的影響，因此嚴格匹配了HC個體，減少環(huán)境因素的影響為研究結果奠定了可靠基礎。
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