非靶代謝組學在研究慢性腎臟病的發(fā)病機制與可能治療靶點中的應用
百趣代謝組學資訊:慢性腎病的延緩方法有了！
文章標題：Metabolomics analysis of human plasma reveals decreased production of trimethylamine N-oxide retards the progression of chronic kidney disease
發(fā)表期刊：British Journal of Pharmacology
發(fā)表時間：2022.1
影響因子：8.739
合作客戶：上海市第十人民醫(yī)院、重慶醫(yī)科大學
百趣生物提供服務：非靶代謝組學
研究背景
慢性腎臟�。–KD）是一個全球性的公共衛(wèi)生問題，也是導致死亡的主要原因之一。然而，CKD的發(fā)病機制和干預方法尚不完全清楚。因此，一些創(chuàng)新的組學技術被用來研究CKD的發(fā)病機制和可能的治療靶點，包括蛋白質組學和代謝組學，以減緩CKD的進展。
結果和討論
01人血漿的代謝組學分析揭示了健康組和尿毒癥患者的潛在標志物（PM）
由30名尿毒癥患者和30名健康組組成，進行代謝組學分析。為了檢驗數(shù)據的質量，我們首先分析了肌酐質量強度（Cr）與臨床試驗中肌酐血漿濃度之間的相關性。如圖1a、b所示，在陽性模式（圖1a）和陰性模式（圖1b）中，肌酐強度的對數(shù)值與血漿肌酐的對數(shù)水平呈良好的線性相關（兩種模式中的R值均大于0.9）。
圖1. 基于LC-MS/MS的非靶向代謝組學數(shù)據的質量評估
所有組中大多數(shù)代謝物的偏差均小于標準偏差的三倍。然而，在所有組中，所有處于正模式和負模式的代謝物的偏差均低于標準偏差的六倍。因此，對樣本和質量控制進行無監(jiān)督主成分分析。然后，對處理后的數(shù)據進行監(jiān)督正交偏最小二乘判別分析。用二維得分圖建立一個預測成分和一個正交成分模型，使用方法中描述的標準，確定了18個潛在標記物（表3），其中尿毒癥患者血漿中只有一個潛在標記物減少。表中也顯示了這些潛在標記。
02、潛在標志物的相關分析確定TMAO是與CKD進展相關的標志物
對代謝組學潛在標記物進行定量驗證，N-乙酰丙氨酸、D-山梨醇和L-焦谷氨酸被排除在進一步的分析之外。為了確定CKD進展最有希望的標志物，我們對潛在標志物的血漿水平與血漿肌酐和eGFR進行了相關分析。與血漿肌酐呈正相關，與eGFR呈負相關，相關系數(shù)大于0.79（表4）。此外，血漿TMAO與血漿肌酐和eGFR的回歸分析表明，血漿TMAO與肌酐和eGFR密切相關，相關系數(shù)均大于0.8（圖3）。
圖2. 血漿TMAO水平與血漿肌酐TMAO水平相關性圖（n=195）
03、TMAO抑制細胞活性并上調纖維化相關蛋白
為了測試TMAO對腎臟的影響，我們首先測試了TMAO對HK-2細胞的影響。用TMAO處理細胞24小時后，細胞活力略有改變（圖4A）。然而，當TMAO濃度小于1.5μM時，將細胞與TMAO孵育48小時可顯著降低細胞活力，且呈劑量相關。當TMAO濃度大于1.5μM時，細胞活力似乎達到一個等級（圖4B）。此外，用TMAO處理細胞48小時后，α-平滑肌肌動蛋白（α-SMA）的蛋白表達明顯增加（圖4C,d），而TGF-β、III型膠原（COL3A1）和纖維連接蛋白的蛋白水平僅略有改變。
圖3. TMAO通過促進腎纖維化在體外和小鼠體內引起腎損傷
04、TMAO在體內引起腎損傷并上調纖維化相關蛋白
給小鼠喂食TMAO后，其體重略有變化，但在視覺上顯著降低了腎臟重量（圖4f,g）和腎臟與體重的比率（圖4h）。相比之下，兩組小鼠的心臟質量和心體質量比均無顯著變化。給小鼠喂食TMAO可顯著提高TMAO（圖4i）和肌酐（圖4j）的血漿水平。此外，給小鼠提供TMAO可增加α-Sma蛋白的腎臟表達（圖4K,l）。
圖4. TMAO通過促進腎纖維化在體外和小鼠體內引起腎損傷。
05、抑制TMAO生成減輕腺嘌呤誘導的體內腎損傷
治療前，四組小鼠的體重略有不同。與對照飲食相比，ARD飲食的消耗量顯著減少。用ARD喂養(yǎng)小鼠可顯著降低小鼠體重（圖5A）和腎臟重量（圖4B）。用抗生素雞尾酒（ABX）治療小鼠可減輕ARD誘導的小鼠體重減輕（圖5A）。DMB或ABX治療可減輕ARD引起的腎重量減少（圖5b）。ARD喂養(yǎng)顯著提高了血漿TMAO水平，而ABX或DMB處理顯著降低了血漿TMAO水平（圖5c）。正如預期的那樣，ARD喂養(yǎng)顯著提高了血漿肌酐水平，ABX或DMB治療顯著阻斷了這一效應（圖5d）。此外，ARD喂養(yǎng)增加了α-Sma的蛋白表達，而ABX或DMB處理會減弱α-Sma的表達（圖5e,f）。相比之下，ABX或DMB治療均未顯著逆轉ARD誘導的心臟質量下降。
圖5. TMAO是減緩小鼠模型腎功能不全的治療靶點
組織學分析表明，ARD給藥導致視覺腎纖維化（圖6b,fand S4B），而DMB（圖6c）或ABX治療（圖6d）緩解ARD誘導的腎纖維化。圖6e和圖6j總結了半定量結果。此外，在偏振光顯微鏡下觀察接受ARD的小鼠腎組織的天狼星紅染色導致弱折射和淺紅色，表明本研究中主要的膠原沉積可能是II型膠原。
圖6. 用3,3-二甲基1-丁醇（DMB）或抗生素混合物（ABX）治療可減輕富含腺嘌呤的飲食（ARD）誘導的腎纖維化
結論
在第一隊列中發(fā)現(xiàn)的18個潛在標記物中，氧化三甲胺（TMAO）被確定為一個有希望的標記物，并且它與第二隊列中CKD患者的腎功能最佳相關。TMAO處理HK-2細胞后，細胞活力降低，α-平滑肌肌動蛋白表達上調。在小鼠中，含有TMAO的飲食減少了腎臟重量，增加了α-平滑肌肌動蛋白的蛋白表達。此外，通過使用3,3-二甲基-1-丁醇抑制TMAO的生物合成途徑或使用抗生素混合物破壞腸道微生物群功能來控制TMAO的產生，可以減輕CKD小鼠模型的腎損傷。結論和意義：本次研究數(shù)據表明，減少TMAO的產生可能是一種新的策略，可以減輕CKD腎損傷的進展。
文/阿趣代謝組學
文章標題：Metabolomics analysis of human plasma reveals decreased production of trimethylamine N-oxide retards the progression of chronic kidney disease
發(fā)表期刊：British Journal of Pharmacology
發(fā)表時間：2022.1
影響因子：8.739
合作客戶：上海市第十人民醫(yī)院、重慶醫(yī)科大學
百趣生物提供服務：非靶代謝組學
研究背景
慢性腎臟�。–KD）是一個全球性的公共衛(wèi)生問題，也是導致死亡的主要原因之一。然而，CKD的發(fā)病機制和干預方法尚不完全清楚。因此，一些創(chuàng)新的組學技術被用來研究CKD的發(fā)病機制和可能的治療靶點，包括蛋白質組學和代謝組學，以減緩CKD的進展。
結果和討論
01人血漿的代謝組學分析揭示了健康組和尿毒癥患者的潛在標志物（PM）
由30名尿毒癥患者和30名健康組組成，進行代謝組學分析。為了檢驗數(shù)據的質量，我們首先分析了肌酐質量強度（Cr）與臨床試驗中肌酐血漿濃度之間的相關性。如圖1a、b所示，在陽性模式（圖1a）和陰性模式（圖1b）中，肌酐強度的對數(shù)值與血漿肌酐的對數(shù)水平呈良好的線性相關（兩種模式中的R值均大于0.9）。
圖1. 基于LC-MS/MS的非靶向代謝組學數(shù)據的質量評估表3. 健康對照組和CKD患者不同階段潛在代謝組學標志物的血漿濃度
對代謝組學潛在標記物進行定量驗證，N-乙酰丙氨酸、D-山梨醇和L-焦谷氨酸被排除在進一步的分析之外。為了確定CKD進展最有希望的標志物，我們對潛在標志物的血漿水平與血漿肌酐和eGFR進行了相關分析。與血漿肌酐呈正相關，與eGFR呈負相關，相關系數(shù)大于0.79（表4）。此外，血漿TMAO與血漿肌酐和eGFR的回歸分析表明，血漿TMAO與肌酐和eGFR密切相關，相關系數(shù)均大于0.8（圖3）。
表4. 血漿電位標志物與血漿Cr和eGFR的相關性
圖2. 血漿TMAO水平與血漿肌酐TMAO水平相關性圖（n=195）為了測試TMAO對腎臟的影響，我們首先測試了TMAO對HK-2細胞的影響。用TMAO處理細胞24小時后，細胞活力略有改變（圖4A）。然而，當TMAO濃度小于1.5μM時，將細胞與TMAO孵育48小時可顯著降低細胞活力，且呈劑量相關。當TMAO濃度大于1.5μM時，細胞活力似乎達到一個等級（圖4B）。此外，用TMAO處理細胞48小時后，α-平滑肌肌動蛋白（α-SMA）的蛋白表達明顯增加（圖4C,d），而TGF-β、III型膠原（COL3A1）和纖維連接蛋白的蛋白水平僅略有改變。
圖3. TMAO通過促進腎纖維化在體外和小鼠體內引起腎損傷給小鼠喂食TMAO后，其體重略有變化，但在視覺上顯著降低了腎臟重量（圖4f,g）和腎臟與體重的比率（圖4h）。相比之下，兩組小鼠的心臟質量和心體質量比均無顯著變化。給小鼠喂食TMAO可顯著提高TMAO（圖4i）和肌酐（圖4j）的血漿水平。此外，給小鼠提供TMAO可增加α-Sma蛋白的腎臟表達（圖4K,l）。
圖4. TMAO通過促進腎纖維化在體外和小鼠體內引起腎損傷。治療前，四組小鼠的體重略有不同。與對照飲食相比，ARD飲食的消耗量顯著減少。用ARD喂養(yǎng)小鼠可顯著降低小鼠體重（圖5A）和腎臟重量（圖4B）。用抗生素雞尾酒（ABX）治療小鼠可減輕ARD誘導的小鼠體重減輕（圖5A）。DMB或ABX治療可減輕ARD引起的腎重量減少（圖5b）。ARD喂養(yǎng)顯著提高了血漿TMAO水平，而ABX或DMB處理顯著降低了血漿TMAO水平（圖5c）。正如預期的那樣，ARD喂養(yǎng)顯著提高了血漿肌酐水平，ABX或DMB治療顯著阻斷了這一效應（圖5d）。此外，ARD喂養(yǎng)增加了α-Sma的蛋白表達，而ABX或DMB處理會減弱α-Sma的表達（圖5e,f）。相比之下，ABX或DMB治療均未顯著逆轉ARD誘導的心臟質量下降。
圖5. TMAO是減緩小鼠模型腎功能不全的治療靶點
圖6. 用3,3-二甲基1-丁醇（DMB）或抗生素混合物（ABX）治療可減輕富含腺嘌呤的飲食（ARD）誘導的腎纖維化在第一隊列中發(fā)現(xiàn)的18個潛在標記物中，氧化三甲胺（TMAO）被確定為一個有希望的標記物，并且它與第二隊列中CKD患者的腎功能最佳相關。TMAO處理HK-2細胞后，細胞活力降低，α-平滑肌肌動蛋白表達上調。在小鼠中，含有TMAO的飲食減少了腎臟重量，增加了α-平滑肌肌動蛋白的蛋白表達。此外，通過使用3,3-二甲基-1-丁醇抑制TMAO的生物合成途徑或使用抗生素混合物破壞腸道微生物群功能來控制TMAO的產生，可以減輕CKD小鼠模型的腎損傷。結論和意義：本次研究數(shù)據表明，減少TMAO的產生可能是一種新的策略，可以減輕CKD腎損傷的進展。
文/阿趣代謝組學
