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txyz.ai助力EAD:SCIEX發(fā)布AI釋讀7600系統(tǒng)新應(yīng)用案例

瀏覽次數(shù)：3652　發(fā)布日期：2023-11-17　來源：SCIEX

SCIEX高分辨質(zhì)譜 ZenoTOF^® 7600 系統(tǒng)自2021年發(fā)布以來，各種學(xué)科的科學(xué)家利用其新型的電子活化解離(Electron Activated Dissociation, EAD)技術(shù)結(jié)合Molecule Profiler和Biologics Explorer等數(shù)據(jù)處理軟件，在生物藥、脂質(zhì)分子，代謝組學(xué)、脂質(zhì)生物標(biāo)志物等方面促進(jìn)了科學(xué)研究。尤其在分子結(jié)構(gòu)解析、糖苷類代謝位點(diǎn)確證、脂質(zhì)分子中雙鍵的定位，離子型脂質(zhì)降解產(chǎn)物的鑒定等應(yīng)用方向，提供了非�？煽康母叻直尜|(zhì)譜數(shù)據(jù)。我們精選了4篇新進(jìn)EAD應(yīng)用案例，論文原文語言為英文，共計(jì)22頁。近日，該內(nèi)容經(jīng)匯總正式上線，可免費(fèi)下載。

想了解EAD的新進(jìn)應(yīng)用，難道必須要讀完22頁英文論文？這需要花費(fèi)不少的時(shí)間和精力。

遇事不決，可問txyz.ai和SCIEX。介紹一個(gè)好用的讀學(xué)術(shù)內(nèi)容的工具(txyz.ai)，可以直接在瀏覽器輸入txyz.ai登陸。我們用AI釋讀這4篇應(yīng)用案例，然后，又請了 SCIEX專家從質(zhì)譜和軟件的角度釋讀案例。只把簡潔的精華技術(shù)內(nèi)容呈現(xiàn)給您。

掃描二維碼，下載新進(jìn)EAD應(yīng)用案例

應(yīng)用案例1.

抗體藥物偶聯(lián)物(ADC)抗體比(DAR)測定

SCIEX專家從質(zhì)譜和軟件的角度釋讀

使用ZenoTOF 7600 系統(tǒng)對恩美曲妥珠單抗 (T-DM1) 的糖基化和去糖基化形式進(jìn)行了表征，然后使用Biologics Explorer軟件進(jìn)行了自動數(shù)據(jù)分析 (上圖)，從而實(shí)現(xiàn)了精確的DAR測量。糖基化 (天然) 和去糖基化形式的曲妥珠單抗 (T-DM1) 的平均DAR值分別為3.6和3.5。糖基化T-DM1的MS譜由不同的質(zhì)荷比組成，主要是G0F、G1F和G2F 與多達(dá)8個(gè)有效質(zhì)荷比DM1偶聯(lián)分子，去除N連接的糖基化則有更簡單的MS譜，其中檢測到去糖基化的T-DM1攜帶多達(dá)8個(gè)DM1。

利用ZenoTOF 7600 系統(tǒng)的EAD功能，進(jìn)行精確的完整質(zhì)量測量和由Biologics Explorer軟件提供的自動數(shù)據(jù)注釋，可快速進(jìn)行蛋白質(zhì)鑒定和DAR測定。

AI釋讀

這篇論文介紹了使用LC-MS分析完整的糖基化和去糖基化ADC樣品的過程。研究使用Waters ACQUITY BEH C4柱和Exion LC AD系統(tǒng)對樣品進(jìn)行分離，LC運(yùn)行的流速為0.3毫升/分鐘，柱溫保持在60攝氏度。質(zhì)譜分析使用ZenoTOF 7600 系統(tǒng)進(jìn)行，數(shù)據(jù)處理則使用Biologics Explorer軟件。研究結(jié)果顯示，通過這種組合可以準(zhǔn)確測量和自動解釋完整ADC的分析數(shù)據(jù)。對T-DM1的糖基化和去糖基化形式進(jìn)行了DAR值測定，分別為3.6%和3.5%。研究還指出Biologics Explorer軟件提供了簡化的工作流程，可用于確定ADC的藥物-抗體比（DAR）。總體而言，該研究展示了使用LC-MS和Biologics Explorer軟件進(jìn)行完整ADC分析的可行性和有效性。

應(yīng)用案例2.

離子型脂質(zhì)納米顆粒DODAP及其降解產(chǎn)物的自動表征

SCIEX專家從質(zhì)譜和軟件的角度釋讀

本工作展示了離子型脂質(zhì)體1,2-二磺酰-3-三甲基銨丙烷 (DODAP) 在降解和氧化過程中的綜合表征。EAD產(chǎn)生大量的診斷離子，這些離子在單電荷脂質(zhì)的碰撞誘導(dǎo)解離 (CID) 模式下，呈現(xiàn)得并不好，但對結(jié)構(gòu)注釋很重要。Molecule Profiler軟件通過自動注釋信息豐富的基于EAD的MS/MS數(shù)據(jù)，提供結(jié)構(gòu)解析。這個(gè)工作流程有助于理解在脂質(zhì)納米顆粒 (LNP) 配方中使用的離子型脂質(zhì)的降解規(guī)律。

Molecule Profiler軟件顯示DODAP降解物結(jié)構(gòu)表征。圖A顯示了m/z 384.3的EAD MS/MS譜圖，展示了高置信度的鑒定和結(jié)構(gòu)解析。當(dāng)一個(gè)峰被分配給一個(gè)選擇的的結(jié)構(gòu)或分子式時(shí)，該峰值將以淺藍(lán)色顯示。圖B顯示了圖A中給出的質(zhì)譜對應(yīng)的結(jié)構(gòu)。圖C顯示了與圖B中匹配的結(jié)構(gòu)相對應(yīng)的已選碎片離子列表。

EAD技術(shù)生成豐富的MS/MS數(shù)據(jù)，對DODAP、氧化形式及其降解物進(jìn)行了可靠的鑒定，具有優(yōu)異的質(zhì)量精度，Molecule Profiler軟件加快了自動識別、確定結(jié)構(gòu)和相對定量DODAP及其相關(guān)雜質(zhì)的過程。

AI釋讀

這篇論文介紹了使用ZenoTOF 7600 系統(tǒng)和Molecule Profiler軟件對DODAP及其降解產(chǎn)物和氧化形式進(jìn)行反相LC-MS分析的結(jié)果。色譜分離顯示DODAP的主峰在15.5分鐘處，未經(jīng)處理的DODAP樣品中存在多個(gè)降解產(chǎn)物，其中主要的降解峰在3.15分鐘處。研究結(jié)果表明DODAP易于降解。Molecule Profiler軟件被用于識別DODAP雜質(zhì)，并自動確定每個(gè)雜質(zhì)的相對豐度。通過高分辨率的ZenoTOF 7600 系統(tǒng)，實(shí)現(xiàn)了出色的質(zhì)量準(zhǔn)確度。研究還使用EAD MS/MS譜圖和Molecule Profiler軟件對DODAP及其降解產(chǎn)物和氧化形式的結(jié)構(gòu)進(jìn)行了詳細(xì)表征。該研究提供了一種完整的離子化脂質(zhì)特性分析解決方案，并可以用于藥物療效和安全性評估以及新合成脂質(zhì)的設(shè)計(jì)。

應(yīng)該案例3.

碰撞誘導(dǎo)解離(CID)和電子活化解離(EAD)技術(shù)對藥物代謝物鑒定

SCIEX專家從質(zhì)譜和軟件的角度釋讀

在藥物發(fā)現(xiàn)的早期階段，對肝微粒體測定來研究代謝清除率和代謝位點(diǎn)。ZenoTOF 7600 系統(tǒng)和Molecule Profiler軟件的代謝物鑒定工作流程，快速易用的工作流程生成信息數(shù)據(jù)，加快了早期藥物發(fā)現(xiàn)過程。

上圖顯示使用Molecule Profiler軟件自動化的結(jié)構(gòu)解析，確認(rèn)兩種結(jié)合型生物轉(zhuǎn)化物，包括去甲基化福莫特羅的代謝物及進(jìn)一步的葡萄糖醛酸代謝物的結(jié)構(gòu)鑒定，EAD的質(zhì)譜數(shù)據(jù)能明確地確定葡萄醛酸代謝的途徑。

ZenoTOF 7600 系統(tǒng)上的Molecule Profiler軟件，可以對I相、II相和多種生物轉(zhuǎn)化物代謝物進(jìn)行自動結(jié)構(gòu)分配�？煽康拇x物鑒定使用EAD MS/MS譜圖、CID MS/MS譜較長或兩者結(jié)合的獨(dú)特離子進(jìn)行分析。

AI釋讀

這篇論文介紹了使用ZenoTOF 7600 系統(tǒng)和Molecule Profiler軟件進(jìn)行代謝物鑒定的軟件輔助過程。該方法結(jié)合了CID和EAD數(shù)據(jù)，增加了代謝物結(jié)構(gòu)鑒定的可信度。研究使用了ZenoTOF 7600 系統(tǒng)和Molecule Profiler軟件生成了信息豐富的數(shù)據(jù)，加速了早期藥物發(fā)現(xiàn)過程。

論文中提到，利用LC-MS工具進(jìn)行微粒體測定可以估計(jì)代謝清除率和鑒定代謝位點(diǎn)。通過使用ZenoTOF 7600 系統(tǒng)和Molecule Profiler軟件的先進(jìn)代謝物鑒定工作流程，可以快速、簡便地生成有用的數(shù)據(jù)，加速早期藥物發(fā)現(xiàn)過程。

Molecule Profiler軟件可以識別治療分子中的生物轉(zhuǎn)化。最新的更新使得該軟件可以根據(jù)EAD和CID數(shù)據(jù)對生物轉(zhuǎn)化的結(jié)構(gòu)進(jìn)行優(yōu)先排序，非常適合比較MS/MS光譜并識別獨(dú)特的片段。使用ZenoTOF 7600 系統(tǒng)和Molecule Profiler軟件進(jìn)行代謝物研究的關(guān)鍵特點(diǎn)包括增強(qiáng)的結(jié)構(gòu)鑒定、可靠的結(jié)構(gòu)鑒定、快速的代謝物鑒定和簡化的數(shù)據(jù)采集和處理工作流程。

論文中還介紹了樣品制備、色譜條件和質(zhì)譜條件等實(shí)驗(yàn)方法。通過使用Zeno CID DDA和Zeno EAD DDA數(shù)據(jù)，結(jié)合Molecule Profiler軟件，可以鑒定出相位I、相位II和生物轉(zhuǎn)化組合代謝物。軟件可以直接從SCIEX OS軟件的Explorer模塊導(dǎo)入MS/MS光譜，并進(jìn)行結(jié)構(gòu)鑒定。

論文的結(jié)論包括自動化的結(jié)構(gòu)鑒定、利用Molecule Profiler軟件識別EAD和CID MS/MS光譜中的獨(dú)特片段、快速高效的軟件輔助代謝物鑒定和相關(guān)分析、以及該工作流程的適應(yīng)性和可擴(kuò)展性。

總之，這篇論文介紹了使用ZenoTOF 7600 系統(tǒng)和Molecule Profiler軟件進(jìn)行代謝物鑒定的方法和工作流程，并展示了其在早期藥物發(fā)現(xiàn)中的應(yīng)用潛力。

應(yīng)用案例4.
精確質(zhì)譜法鑒定脂質(zhì)生物標(biāo)志物

SCIEX專家從質(zhì)譜和軟件的角度釋讀

本工作描述了測定小鼠腦基質(zhì)中葡萄糖基和半乳糖基神經(jīng)酰胺的高分辨質(zhì)譜方法。小鼠大腦含有許多內(nèi)源性脂質(zhì)生物標(biāo)志物，這些標(biāo)志物具有相似的結(jié)構(gòu)，干擾非常普遍；分析揭示了新的干擾或在治療組之間增加或減少的干擾。這些數(shù)據(jù)充分展示了潛在的生物標(biāo)記物是如何識別的，可以獲得更多關(guān)于目標(biāo)樣本的信息，有助于將這些物種作為其他潛在的生物標(biāo)志物進(jìn)行表征。

ZenoTOF 7600 系統(tǒng)是一種可以用于脂質(zhì)生物標(biāo)志物定性和定量分析的利器，具有高靈敏度和準(zhǔn)確性。

AI釋讀

這篇論文介紹了使用SCIEX OS軟件平臺中的Formula Finder和ChemSpider工具來進(jìn)行化合物鑒定的方法。通過準(zhǔn)確質(zhì)量TOF MS數(shù)據(jù)，F(xiàn)ormula Finder確定可能的分子式，然后ChemSpider在其數(shù)據(jù)庫中搜索與所提出的分子式匹配的條目。最后，ChemSpider生成一個(gè)命中計(jì)數(shù)，總結(jié)與前體質(zhì)量和同位素譜圖確定的分子式匹配的數(shù)據(jù)庫條目數(shù)量。根據(jù)命中計(jì)數(shù)，用戶選擇最合適的分子式，并將其與數(shù)據(jù)庫中的命中進(jìn)行匹配。然后，通過比較理論碎片與收集到的MS/MS數(shù)據(jù)，提供碎片的百分比匹配，最終由用戶做出最終選擇。該方法在小鼠腦樣本中鑒定干擾物和化合物的過程中展示了良好的效果。此外，論文還介紹了使用ZenoTOF 7600 系統(tǒng)進(jìn)行脂質(zhì)生物標(biāo)志物的敏感定量分析的方法，并展示了其在低樣本體積下實(shí)現(xiàn)高靈敏度的能力。最后，論文總結(jié)了該方法的優(yōu)點(diǎn)，包括簡單易行的樣品鑒定和定量分析，以及在SCIEX OS軟件提供的單一平臺上實(shí)現(xiàn)的數(shù)據(jù)采集、處理和管理。